Unos 17 de los 114 dichos que componen este evangelio coinciden con otros dichos, redactados en griego, encontrados en los fragmentos de los Papiros de Oxirrinco, descubiertos en Oxyrhynchus, en Egipto, en 1898. Estos fragmentos se han fechado en torno al año 200, en tanto que el manuscrito copto hallado en Nag Hammadi data de alrededor de 340. Se cree que el manuscrito copto es traducción de un texto griego más antiguo, del que dan testimonio los fragmentos de Oxyrhynchus.

Confusión con otras obras

Debe distinguirse el Evangelio de Tomás de otros apócrifos o pseudoepígrafos atribuidos al mismo personaje, como los Hechos de Tomás o el Evangelio del Pseudo Tomás (acerca de supuestas cosas que hizo Jesús siendo niño), así como del texto gnóstico conocido como Libro de Tomás el Contendiente.

Hipólito de Roma (muerto hacia 235) hace referencia a un Evangelio de Tomás, del que cita un logion («Quien me busca me encontrará entre los niños a partir de los siete años, pues allí me manifiesto oculto en el decimocuarto eón») que no aparece en el texto de Nag Hammadi, y que se ha relacionado más bien con los apócrifos de la infancia.

También Ireneo (en Adversus haereses, Contra los herejes, 1, 22, 1) menciona un Evangelio de Tomás, pero se cree que hace referencia al Evangelio del Seudo Tomás y no al que aquí nos ocupa.