Aunque los Comentarios tienen el objetivo de justificar una labor de gobierno puesta en entredicho por una sublevación contra el Adelantado Álvar Núñez, no podemos olvidar que, por encima del relato leguleyo, sobresale la preocupación indigenista, base fundamental justamente de su defensa ante el Consejo de Indias. Álvar Núñez nos proporciona un conocimiento exhaustivo de la tierra, de su flora y fauna, y, sobre todo, de sus hombres, los indígenas del Río de la Plata, sobre quienes nos ha dejado una minuciosa descripción que hoy adquiere valor de documento inestimable.