Pero la verdadera crisis estalló cuando algunos Anunnaki de rango menor, conocidos como los Igigi, que operaban en las estaciones orbitales y en la Tierra, se sintieron atraídos por las mujeres humanas. Estos dioses menores decidieron desobedecer las órdenes divinas y tomaron esposas entre las hijas de los hombres. Su unión dio origen a una nueva generación de híbridos más avanzados, los Nephilim.

Enlil vio esto como una violación del orden establecido y convocó un consejo para decidir el destino de la humanidad y de los dioses rebeldes. Propuso un castigo severo para los Igigi y la destrucción de los híbridos, pero Enki defendió a su creación, argumentando que la evolución de los humanos era inevitable.

El conflicto se intensificó. Las disputas entre Enki y Enlil dividieron a los Anunnaki, algunos apoyaban la enseñanza de los humanos, mientras que otros exigían su control y limitación. Se promulgó una orden de exterminio contra los híbridos, lo que llevó a una masacre y al destierro de los Igigi.

La rebelión de los dioses menores y la intervención genética sobre la humanidad marcaron un punto de no retorno. Enki continuó su labor en secreto, protegiendo a los humanos y asegurándose de que su legado no fuera borrado. Sin embargo, el destino de la Tierra estaba lejos de ser resuelto, y nuevas crisis estaban por desatarse.