La primera dificultad es la que nos hemos propuesto ya en la introducción. ¿El estudio de las causas pertenece a una sola ciencia o a muchas, y la ciencia debe ocuparse sólo de los primeros principios de los seres, o bien debe abrazar también los principios generales de la demostración, como estos: es posible o no afirmar y negar al mismo tiempo una sola y misma cosa, y todos los demás de este género? Y si no se ocupa más que de los principios de los seres, ¿hay una sola ciencia o muchas para el estudio de todos estos principios? Y si hay muchas, ¿hay entre todas ellas alguna afinidad, o deben las unas ser consideradas como filosóficas y las otras no?

También es indispensable indagar, si deben reconocerse sólo sustancias sensibles, o si hay otras además de éstas. ¿Hay una sola especie de sustancias o hay muchas? De esta última opinión son, por ejemplo, los que admiten las ideas, y las sustancias matemáticas intermedias entre las ideas y los objetos sensibles. Éstas, decimos, son las dificultades que es preciso examinar, y además la siguiente: ¿nuestro estudio abraza sólo las esencias o se extiende igualmente a los accidentes esenciales de las sustancias?