En paralelo, los servicios de inteligencia argentinos, especialmente la SIDE, jugaron un rol clave en el encubrimiento. Se desestimaron pruebas fundamentales, como los registros de seguridad de la AMIA y los testimonios de los sobrevivientes que contradecían la versión oficial. Además, la SIDE colaboró en la manipulación de testigos y pruebas, fabricando un caso que se sostenía únicamente por declaraciones inducidas y fragmentos falsificados de la Traffic blanca. Jaime Stiusso, un alto funcionario de la SIDE, fue señalado como uno de los principales operadores en esta trama, encargado de coordinar las acciones encubridoras.

La influencia de los intereses internacionales no solo condicionó la dirección de la investigación, sino que también impactó las decisiones políticas del gobierno de Carlos Menem. Bajo presión de Estados Unidos e Israel, Menem alineó su discurso con la versión que culpaba a Irán, dejando de lado las sospechas iniciales que apuntaban a Siria. Esta elección no fue casual: mientras Siria mantenía relaciones diplomáticas y comerciales con ambos países, Irán era considerado un enemigo estratégico en la región de Medio Oriente.