El gobierno de Carlos Menem fue el principal promotor del encubrimiento. En un contexto de presiones internacionales y acuerdos secretos, Menem tomó medidas para ocultar cualquier evidencia que vinculara a Siria con el atentado. La relación del expresidente con el régimen de Hafez Al Assad, así como los compromisos no cumplidos en materia de tecnología nuclear y lavado de dinero, eran elementos que podían desenmascarar una compleja trama de intereses y venganzas. Para evitar esto, el Ejecutivo intervino directamente en el manejo del caso, orientando la investigación hacia Irán como chivo expiatorio.

El sistema judicial argentino también fue instrumental en este encubrimiento. El juez Juan José Galeano, designado para liderar la causa, se convirtió en un engranaje clave del aparato de desinformación. Galeano aprobó sobornos millonarios a testigos para que declararan en favor de la versión oficial y manipuló evidencias para sostener la hipótesis de la camioneta Traffic blanca. Estos actos fueron posteriormente expuestos, lo que llevó a su destitución y a la invalidación de gran parte de las pruebas presentadas durante los años de investigación.