La novela es la primera de las que habrían de componer (la prematura muerte del autor las dejó en dos) el llamado Ciclo de Pío Cid; personaje central de las dos obras en el que la crítica ve una autoficción o alter ego de su creador. En referencia a la naturaleza autobiográfica que estas dos novelas encierran, algunos estudiosos postulan por enmarcar La conquista del reino de Maya?, Los trabajos del infatigable?, y El escultor de su alma, en una trilogía autorreferencial en la que La conquista? sería una obra introductoria, Los trabajos? tomarían el protagonismo de eje central, y El escultor?, encarnado en la figura de Pedro Mártir, pondría el simbólico broche final (testamento místico) a la serie autoficcional.

La Conquista del Reino de Maya es en si misma una gran ironía, una utopía al revés, como algunos la han definido. Publicada la obra, el carácter satírico de la misma dejó desconcertados a propios y extraños: «Un libro raro», titulaba Navarro Ledesma una reseña de la misma aparecida en El Globo en abril de 1897. En la novela se narran las aventuras de Pío Cid en el reino africano e imaginario de Maya, en el que, convertido en Sumo Sacerdote, se da al trabajo de promover una serie de reformas acompañadas de un proceso de tecnificación e industrialización cuyos resultados acaban siendo grotescos. La novela se ha interpretado como una crítica de la colonización del Congo belga, muy negativamente juzgada por Ganivet, como evidencian otros pasajes semejantes al de la carta escrita a Navarro Ledesma fechada el 10 de mayo de 1893, donde escribe que «Cualquiera que piense, no ya con la cabeza, sino con los calzoncillos, comprende que no se trata de la felicidad de la raza negra ni del progreso ni de nada por el estilo; se trata de un negocio en grande escala en el que el buen Leopoldo tiene metidos buenos millones».