Segundos negros arranca con la desaparición de una niña de diez años en una población rural, rodeada de granjas y bosques en Noruega. La desaparición aviva los peores miedos de su madre que siempre ha creído que su hija era algo demasiado bueno para que durase. El comisario Konrad Sejer, tan humano, tan serio, tan comprensivo que los interrogados a menudo se sienten tentados de contarle más de lo que pretenden, y su joven asistente, Jacob Skarre, comienzan entonces la investigación. Las sospechas recaen sobre Emil Mork, un tipo raro que vive solo y no habla desde su infancia. Sin embargo, a medida que avanza la investigación se pone de manifiesto que todos en la pequeña localidad tienen algún secreto que vale la pena ocultar.