En octubre del año 1665, mientras Madrid prepara los funerales del rey Felipe IV, Lorenzo Gonzaga, un joven procedente de la pequeña ciudad castellana de Arévalo, entra en la capital del Reino, acompañado de su tío, el canónigo de Sigüenza don Baltasar Gonzaga. Por voluntad de su moribundo padre, va a ingresar en un convento franciscano intramuros de la Villa y Corte. Allí conocerá a Esteban, otro novicio, y a Bartolo, criado del establecimiento, con quienes se comprometerá a fugarse del monasterio en el momento oportuno.
Mientras éste llega, Lorenzo se consagra al estudio, de modo que, al finalizar el noviciado y antes de que llegue el momento de formular los votos, es destinado a la biblioteca como ayudante del padre Felipe. Es en ese momento cuando descubre un pasadizo secreto que une su celda con el exterior, pero que también le pone en contacto con el mundo fascinante que bulle a su alrededor, al tiempo que le revelará una faceta inconfesable de su maestro bibliotecario, fray Felipe, quien es en realidad un potente mago. Por otra parte, descubrirá que cierta joven, hija de un converso judaizante, se halla, lo mismo que su padre, en grave peligro a causa de las intrigas del jesuita Juan Everardo Nithard, Inquisidor General de España, en funciones de Primer Ministro bajo la regencia de Mariana de Austria. Ambas cosas, salvar al padre y a la hija y abandonar los tres compañeros el monasterio, confluirán en un proyecto único.