Los primeros días tras el atentado, servicios de inteligencia como la CIA y el Mossad apuntaron hacia Damasco, relacionando el ataque con Monzer Al Kassar, un conocido traficante de armas y drogas cercano al régimen sirio. Al Kassar había sido detectado en Argentina pocos días antes de la explosión, según informes del MI6 británico. Sin embargo, estas sospechas fueron descartadas rápidamente por razones políticas, en favor de un relato que implicaba a Irán. Siria, por el contrario, tenía vínculos secretos tanto con Israel como con Estados Unidos, lo que aseguraba su inmunidad frente a acusaciones directas.

El manejo de la investigación reflejó un claro patrón de encubrimiento. La Corte Suprema, liderada por jueces afines al gobierno de Menem, asumió el caso y descartó investigar indicios clave como la “zona liberada” en la seguridad de la embajada o la actividad de Al Kassar. En paralelo, las teorías alternativas, como la infiltración de explosivos en el edificio mediante bolsas de material de construcción, fueron ignoradas. Las declaraciones iniciales del propio Menem, afirmando que “esto me lo hicieron a mí”, quedaron relegadas al olvido, pese a su posible referencia a una venganza por las promesas incumplidas a Siria.