Al igual que en el caso de la Embajada de Israel, la narrativa oficial ignoró indicios que apuntaban a Siria y a sus aliados locales. Las primeras horas tras el atentado fueron cruciales para el encubrimiento: las fuerzas de seguridad, con la ayuda de servicios de inteligencia extranjeros, sembraron restos de una Traffic blanca en la zona de la explosión. Testimonios de sobrevivientes que negaban la presencia de tal vehículo fueron deliberadamente desestimados. Uno de ellos, Daniel Joffe, aseguró que nunca vio una camioneta en las inmediaciones. Además, el barrendero Juan Carlos Álvarez confirmó que el único objeto en el lugar era un volquete, que posteriormente se descubrió destrozado, como si hubiera contenido parte de la carga explosiva.

La investigación oficial estuvo plagada de irregularidades. Bajo la conducción del juez Juan José Galeano, se ofrecieron sobornos millonarios para manipular testigos y encubrir la verdadera naturaleza del ataque. El tribunal que manejó el caso aceptó sin cuestionamientos las versiones provenientes de agencias como la CIA y el Mossad, que buscaban culpar a Irán, enemigo geopolítico de Estados Unidos e Israel. Estas instituciones promovieron la idea de que el atentado fue parte de una “guerra santa” internacional, ignorando deliberadamente las tensiones previas entre el gobierno de Menem y Siria.