Los dioses sabían que un gran cataclismo se avecinaba: el paso de Nibiru causaría un desastre global, desencadenando un diluvio que arrasaría con toda la vida en la Tierra. Enlil vio en este evento una oportunidad para eliminar a la humanidad y empezar de nuevo, decretando que ningún Anunnaki debía advertir a los humanos sobre la inminente destrucción.

Enki, desobedeciendo las órdenes de su hermano, decidió salvar a su creación. Se comunicó en secreto con Ziusudra (el Noé sumerio) y le instruyó para construir una embarcación capaz de resistir la tormenta. Le proporcionó las medidas exactas y los materiales necesarios para que pudiera sobrevivir junto con su familia y algunos animales.

Cuando el diluvio llegó, las aguas cubrieron la Tierra, destruyendo las ciudades y aniquilando a casi toda la humanidad. Los Anunnaki, observando desde lo alto, se dieron cuenta del horror de su decisión. Tras la tormenta, cuando las aguas comenzaron a retirarse, los dioses descendieron y encontraron a Ziusudra y su familia con vida.