Los dioses, sabiendo lo que estaba por venir, se reunieron en consejo. Enlil, viendo la oportunidad de acabar con la humanidad de una vez por todas, decretó que no se debía advertir a los humanos sobre la inminente catástrofe. Decidió que el Diluvio fuera el castigo final por su rebeldía y por la corrupción de la sangre Anunnaki con los Igigi. Enki, aunque obligado a guardar silencio por el juramento del consejo, no podía permitir la aniquilación total de sus creaciones.

En secreto, Enki reveló la verdad a Ziusudra (conocido más tarde como Noé), un humano sabio y devoto. Le instruyó para construir un arca gigantesca, lo suficientemente fuerte para resistir las aguas que cubrirían la Tierra. Le dijo que debía reunir en ella a su familia y a parejas de animales, asegurando así la continuidad de la vida.

Cuando el cataclismo llegó, la Tierra fue azotada por lluvias interminables, violentas tormentas y un desbordamiento de los océanos. Montañas fueron sumergidas, continentes cambiaron y la mayoría de los humanos perecieron. Los Anunnaki, observando desde sus naves en la órbita terrestre, quedaron impactados por la magnitud de la destrucción.