La Federación ha perdido la batalla de Sigmator contra el Imperio toriano y las pocas naves que lograron escapar regresan a sus planetas, ahora deben reorganizarse y resistir el contraataque de sus enemigos, quienes se preparan para invadir el planeta Épsilon 27. A pesar de que la FOUD intenta conseguir apoyo de mundos lejanos, todo hace indicar que perderán la guerra. Mientras la batalla para defender la capital de la FOUD se avecina, los seleccionados no solo tendrán que participar en nuevas misiones y prepararse para volver al combate, sino también deberán lidiar con las autoridades de distintos países de la Tierra, quienes están planeando su destitución para tomar el control de la Federación Terrícola.