Redactada concisamente como un manual para las clases, la Enciclopedia de las Ciencias Filosóficas es la única exposición completa del sistema de la filosofía hegeliana, que tiene una viva y enorme vigencia contemporánea. Ningún intento de comprender a Hegel puede prescindir de esta obra, ya que, según su autor, su «Sistema de la Ciencia» o la verdad reside en la exposición completa del mismo y no en tesis aisladas.

Comprende en orden metódico las ciencias filosóficas fundamentales; dentro de tres grandes apartados (Lógica, Filosofía de la naturaleza y Filosofía del Espíritu) figuran todas las disciplinas hasta entonces reconocidas. Partiendo de la Lógica, pasa a la Naturaleza, diversificada en Mecánica, Física y Orgánica. Examina el Espíritu subjetivo (Antropología, Fenomenología del Espíritu y Psicología), el Espíritu objetivo (Derecho, Moralidad y Eticidad) y el Espíritu Absoluto (Arte, Religión y Filosofía)

De los tres apartados, el primero y tercero fueron desarrollados más ampliamente en sus otros tres libros, quedando el segundo (Filosofía de la naturaleza) tal como se muestra en esta obra.