La trama se desarrolla durante la creación de la obra La Última Cena, encargo de Ludovico el Moro al artista Leonardo da Vinci como parte de la ampliación y decoración del refectorio del convento dominico de Santa María delle Gracia, en Milán, Italia entre 1495 y 1497.Agustín Leyre, inquisidor dominico experto en la interpretación de mensajes cifrados, es enviado a toda prisa a Milán para supervisar los trazos finales que el maestro Leonardo da Vinci está dando a La Última Cena, debido a una serie de cartas anónimas recibidas en la corte papal de Alejandro VI, en las que se denuncia que Da Vinci no sólo ha pintado a los Doce sin su preceptivo halo de santidad, sino que el propio artista se ha retratado en la sagrada escena, dando la espalda a Jesucristo.En la novela se expone que La Última Cena de Leonardo da Vinci contiene una serie de anomalías para el punto de vista de los católicos ortodoxos de la época: no muestra el Santo Grial, ni a Cristo instaurando el Sacramento de la Eucaristía, sino que hace un gesto con las manos parecido a una imposición, idéntico al único sacramento que ejercitaban los cátaros durante sus ceremonias, el Consolamentum. También expone la posibilidad de que los discípulos fueran retratos de importantes heterodoxos de su época. Tampoco la actitud de los Doce en esa composición refleja lo que narran los Evangelios: Juan, el joven discípulo que está sentado junto al maestro, no apoya su cabeza en su pecho, como dice el Nuevo Testamento; más bien, al contrario, parece alejarse de él.El autor se basa en datos como que la región italiana de la Lombardía acogió entre los siglos XIII y XV a los últimos supervivientes cátaros después de la caída de sus correligionarios en Montsegur en 1244.