Kino, un joven indígena mexicano, fuerte, pescador de perlas, vive en una pequeña ciudad, La Paz, con su pareja de hecho Juana (con quien no se ha casado por no poder permitirse el lujo de pagar al sacerdote que oficie la ceremonia), y su hijo bebé, Coyotito. Cuando Coyotito es picado por un escorpión, Kino debe encontrar una manera de pagar al médico del pueblo, un hombre blanco extremadamente prejuicioso, para curar a su hijo. Cuando más lo necesita, Kino descubre una enorme perla del tamaño de un huevo de gaviota, sabe que al venderla podrá pagar al médico y más. Sin embargo, otras fuerzas trabajan en contra de sus planes.La perla es una historia basada en un cuento popular indígena; explora los secretos de la naturaleza del hombre, las profundidades más oscuras del mal, y los efectos desastrosos de salir de un sistema establecido. Cosas malas suceden si se abusa de la posición social, argumento que presenta el párroco de esta historia.