Historia de los heterodoxos españoles es un estudio de gran envergadura y profunda erudición donde Menéndez Pelayo desmenuza la labor de todos los pensadores y escritores perseguidos por la tradición católica española, asumiendo el punto de vista del catolicismo.

A grandes rasgos, los temas de la obra son los mismos en las diversas épocas investigadas: doctrinas teológicas heterodoxas y sus iniciadores y representantes; supuestos espirituales (místicos e iluminados, magos y hechiceros) y filosóficos (gnosticismo, panteísmo, averroísmo, erasmismo, iluminismo, jansenismo, liberalismo?) por detrás de aquellas doctrinas heterodoxas; contexto socio-político de cada época; y por último el desarrollo de la respuesta ortodoxa a las doctrinas erradas. Para profundizar en estos temas se vale nuestro autor de numerosísimas fuentes que van desde escrituras públicas hasta hagiografías, pasando por decretales pontificias, documentos conciliares, obras literarias, cartas, así como traducciones diversas y obras de todo tipo de autores: creyentes y no creyentes; católicos y protestantes de todo rango; españoles en y fuera de España.

Calificada como «obra visceral de un católico que hoy llamaríamos seguramente fundamentalista, más ideológica que científica, más dogmática que crítica», ha de reconocerse que aun entonces constituyó ya un ensayo de investigación de largo recorrido y de mucho interés; una obra de gran envergadura y profunda erudición a cargo de una las mentes más memoriosas y capaces en mucho tiempo, en la que la carga ideológica puede volverse un aliciente más para profundizar mejor en los pliegues del devenir histórico, y de la que no cabía duda era una primera genial síntesis de toda una historia de quince siglos por donde desfilaban autores conocidos al lado de una caterva de olvidados, para trenzar el curso de esa malla hecha de ideas religiosas, políticas, científicas, literarias y filosóficas.