Han transcurrido cinco años desde los acontecimientos descritos en El Retorno del Jedi. La frágil Nueva República se tambalea bajo los ataques del gran almirante Thrawn, que no sólo ha reunificado a los restos de las fuerzas imperiales, sino que ha rechazado a los rebeldes con una nueva tecnología abominable: soldados clon.Las esperanzas disminuyen cuando Thrawn pone cerco final a la República. Mientras Han y Chewbacca se esfuerzan por formar una precaria alianza de contrabandistas, en un desesperado ataque contra el Imperio, Leia mantiene cohesionada a la Alianza y se prepara para dar a luz a sus gemelos Jedi. Sin embargo, el Imperio cuenta con demasiadas naves y demasiados clones. La única esperanza para la República consiste en enviar una pequeña fuerza, mandada por Luke, hacia el mismísimo baluarte que alberga las terribles máquinas clonadoras de Thrawn.Allí, un último peligro acecha, el Jedi Oscuro C?baoth intriga en su fortaleza secreta, dirige la batalla contra los rebeldes, alimenta su locura y aumenta su poder para terminar lo que ya había empezado: la destrucción de Luke Skywalker