La documentación API oficial de JGit está disponible en línea en https://www.eclipse.org/jgit/documentation.
Estos son Javadoc estándar, por lo que tu IDE JVM favorito será capaz de instalarlos de forma local, también.
El "libro de cocina" de JGit en https://github.com/centic9/jgit-cookbook tiene muchos ejemplos de cómo realizar tareas específicas con JGit.