El árbol de la ciencia (para el propio Pío Baroja «el libro más acabado y completo de todos los míos») es la tercera novela de la trilogía La raza y está considerada como una obra semi-autobiográfica. Es una obra emblemática de la generación del 98 y refleja muchas de las inquietudes sociales, científicas y filosóficas de la época. Se escribió poco después de que España perdiera sus últimas colonias y durante un periodo de grandes avances científicos.

En ella se narra la vida de Andrés Hurtado, estudiante de medicina. Pese a que el joven entra en la facultad de medicina con muchas ganas de aprender, la educación que recibe, el tener una familia poco afectuosa y unos amigos nada generosos le van dejando un poso de desilusión y pronto adopta una mentalidad negativa. Sólo cuando conoce a Lulú, una muchacha atrevida y que rebosa ternura, encuentra Andrés cierta felicidad.